De Gasthuiskapel dateert vermoedelijk van oorsprong uit het begin van de 14e eeuw. Gedeelten van het huidige metselwerk zijn te dateren uit deze periode. De oorspronkelijke ingang bevond zich in de westgevel. Tijdens de grote stadsbrand in 1524 is de kap van de Gasthuiskapel verloren gegaan. De huidige eiken kap dateert van omstreeks 1525. Het type kapconstructie met spitsbooggebinten, drie ribben, trekbalk en tongewelf was in het begin van de 16e eeuw heel gangbaar. De meeste sleutelstukken dateren eveneens uit het begin van de 16e eeuw.

Na de brand in 1524 zijn vermoedelijk de vensters vervangen door spitsboogvensters met vorktracering. Eén venster in de westgevel van de kapel dateert nog uit deze periode. Dit venster is alleen waarneembaar vanuit het tussenlid.Tot aan de reformatie in 1572 heeft de ingang in de westgevel dienst gedaan. Daarna werd er een ingang gerealiseerd in de oostgevel van de kapel aan de Kerkstraat.

In de loop der eeuwen heeft de kapel bovendien nog dienst gedaan als slagerij, vleeshal, paardrijschool, kapel en legering van troepen. In 1845 werd de kapel gekocht door Stichting het Groote Bommelsch Gasthuis.

In de winter van 2004-2005 vond de laatste uitgebreide restauratie plaats. Hierna doet de kapel onder meer dienst als tentoonstellingsruimte en dependance van het Maarten van Rossummuseum in Zaltbommel. Door de bijzonder goede akoestiek is de kapel uitstekend geschikt voor (kamer)muziekconcerten.